Phage-display biopanning selection of the AuNC anchor (AuNC 앵커의 phage-display biopanning 선별)

50 nm 금 나노큐브를 위한 최적의 pVIII 앵커 펩타이드가 어떻게 선별되었는지 (see Lee et al., ACS Synthetic Biology (2017)).

라이브러리 설계와 증폭 제약

다섯 개의 helper-phage 라이브러리 AE(X)₂DP … AE(X)₆DP가 구축되었으며, X는 M13-bacteriophage-scaffold pVIII N-말단의 본래 Gly-Asp 모티프를 대체하는 NNK 코돈으로 무작위화된 잔기이다. 효율적인 phage 증폭은 더 짧은 (X)₂–(X)₄ 라이브러리에서만 일어났다; (X)₅ 라이브러리는 단일 plaque 클론을 주었고 (X)₆은 야생형 오염만을 주었다 — 즉 phage 조립/감염을 위해서는 노출된 펩타이드가 ≤6 잔기여야 한다 (see source, Table 1, Fig. 2). NGS는 라이브러리당 ~1×10⁶ reads를 주었다.

3라운드 biopanning + NGS 수렴

50 nm 금 나노큐브에 대한 3라운드 biopanning을 NGS 농축 추적과 함께 수행한 결과, Pro-Asp (PD)로 수렴했다: (X)₂ 라이브러리는 93.33% Pro-Asp로 농축되었고; (X)₃ 라이브러리는 Ser-Asp-Gly가, (X)₄ 라이브러리는 Ala-Gly-Asp-Ser가 우세했다 (see source, Fig. 2). 선별된 이상적 융합 서열은 AEPDDP (Ala-Glu-Pro-Asp-Asp-Pro)이며, 이는 peptide-templated-nanoparticle-assembly를 통해 고르고 응집이 없는 phage-gold-nanocube-complex를 산출한다.